آیت الله ملکی تبریزی دروس مقدماتی را در تبریز فرا گرفت و برای استفاده بیشتر به نجف اشرف مشرف شد. در نجف اشرف از درس محدّث محقق، میرزا حسین نوری، فقیه وارسته آیت‌الله حاج آقا رضا همدانی و اصولی معروف آخوند خراسانی استفاده کرد. اما مهم‌ترین استادش، عارف بالله آخوند حسینقلی همدانی بود که میرزا جواد ملکی را از ملک به ملکوت رساند. میرزا درباره استادش در کتاب اسرار الصلاه می‌‌نویسد: حکیم عارف و معلم خبیر و طبیب کاملی بسان او ندیدم...

میرزا جواد آقا در سال ۱۲۷۰ شمسی به ایران بازگشت و به زادگاهش تبریز رفت و از آنجا به زیارت حضرت عبدالعظیم (علیه‌السلام) شتافت. سپس به قم مهاجرت کرد و این شهر را وطن خویش قرار داد.

ارمغان ارزشمند دوران تحصیل و تدریس حاج میرزا جواد آقا، ژرف‌‎نگری و اندیشمندی بسیار نسبت به اوضاع جهان بود. وی صاحب سیرتی سیاسی شده بود و هماره حوادث را با دیده بصیرت و بینش می‌‌‎نگریست و با زبان دعا، ناخرسندی خویش را نسبت به اوضاع ابراز می‌‌‎کرد. افرادی که برای مشورت به حضورش می‌‎شتافتند از قبول کارهای دولتی منصرف می‌‌‎ساخت و سردمداران حکومت را همچون ستمگران بنی امیّه و بنی عباس قلمداد می‌‌‎کرد. غیر از دروس عمومی، درس دیگری برای بعضی از خواص در منزل حاج میرزا برقرار می‌‎شد که اخلاق و عرفان بود. علاوه بر این، نماز جماعت در مسجد بالا سر حرم مطهر حضرت معصومه (س) نیز از سوی ایشان اقامه می‌‎شد؛ که امام خمینی (ره) و آیت الله بهاء‌الدینی از جمله افرادی بودند که در نماز حاج میرزا جواد آقا ملکی تبریزی شرکت می‌‎کردند.

آنان که با حالات ملکوتی و عبادی این فرزانه عارف آشنا بودند ایشان را از بکّائون می‌‎شمردند. عالمی که از خوف و شوق خداوند بسیار گریه می‌‌کرد. سه ماه رجب، شعبان و رمضان را پی در پی روزه می‌‌‎گرفت و در قنوت نمازهای نافله این بیت حافظ را مکرر می‌‎خواند:

زان پیش‌تر که عالم فانی شود خراب

ما را ز جام باده گلگون خراب کن

میرزا جواد آقا علاوه بر تربیت نفوس چندین اثر گرانسنگ نیز به یادگار گذاشته‌اند که اسرار الصلاه، المراقبات یا اعمال السنه و رساله لقاء الله سرآمد همه آنها است. این سه کتاب برای آنهایی که به دنبال ترسیم مسیر زندگی خویش بر پایه دستورات الهی‌ هستند و به سبک زندگی خویش اهمیت می‌دهند بسیار آموزنده، کارگشا و انسان ساز است. این سه کتاب ارزشمند یکی از دیگری زیبا‌تر و به قول علماء کتاب رساله لقاءالله او پرچم را بر قله معرفت زده است. المراقبات، کتابی است که می‌تواند کمک شایانی به زندگی عبادی و منظم ساختن بندگی ما کند. المراقبات نسخه‌ای مجرّب برای آنان است که مایل به پیمودن راه پرنور بندگی و صراط مستقیم هستند. این کتاب اعمال دوازده ماه سال را با ویژگی‌های هر کدام تقسیم بندی نموده و در جای مناسب توضیحاتی نیز بیان نموده است. میرزا جوادآقا در مقدمه کتاب می‌نویسند: «ای انسان، اندیشه کن که تو در ارتباط با منافع این دنیای پست و در رفتار و کردار خود، آن گونه عمل می‌کنی که به سود بیشتری برسی و بهره زیادتری را به دست آوری. به این جهت چیزهایی را بر می‌گزینی که امتیاز و برتری بیشتری داشته باشند. بلکه بالا‌تر از این به خاطر غذا و آب و بستر خواب بهتر، خود را خسته و وقت خود را صرف می‌کنی. در حالی که خوب می‌دانی که حاصلی از این خستگی جز تفاوت ناچیزی به دست نمی‌آوری که آن هم همیشگی نبوده و از بین رفتنی است. حال سؤال اینجاست که چرا در ارتباط با سرای آخرت خود، این گونه عمل نمی‌کنی؟ در حالی که منافع و بهره‌های آخرت، ماندنی و پایدار است و هرگز نعمت‌های این دو سرا با هم قابل مقایسه نمی‌باشند» این عارف بزرگ در ادامه علت نگارش چنین کتابی را که به ظاهر حاوی دستورالعمل‌های ساده‌ای است بیان می‌کند: «اگر دارای همت نیستی؛ با سعی و تلاش و با مدارا و نرمی با نفس و سخت گیری نکردن برخود، از خراب شدن و به هدر رفتن اوقات جلوگیری کن تا به این وسیله به انجام کارهای خیر عادت کنی زیرا خیر عادت آدمی است و از رفتار و کردار ناشایست بترس؛ زیرا ترس از آن‌ها عبادت است و مواظب باش که در غفلت از خداوند نباشی که در این صورت از حیوانات گمراه‌تر و از مردمان عوام، پست‌تر خواهی بود.» قطعاً برای مدارای با نفس باید از اعمال ساده ولی در عین حال با دوام بهره گرفت زیرا فرموده‌اند افضل اعمال با دوام‌ترین آنهاست. لذا باید از برنامه‌ای بهره بجوییم که فقط مختص ماه رمضان یا محرم یا ذی الحجه نباشد. شرط موفقیت در مسیر عبودیت دوام در اعمال عبادی در طول سال است و کتاب المراقبات در این راه کمک شایانی به ما خواهد نمود.